Also wenn die Geräusche immer noch da sind, ist definitiv etwas anderes nicht in Ordnung oder der Motor nur instandgesetzt worden. Eventuell auch nicht professionell.
An seiner Stelle würde ich zu der Werkstatt fahren die den angeblichen Motortausch vorgenommen hat und mir den alten Motor zeigen lassen. So kann man sich davon überzeugen, ob sie ihn wirklich getauscht oder nur instandgesetzt haben.
Auf jeden fall nicht locker lassen auch wenn Fiat sagt die Geräusche wären normal.
Ich hatte hier mal den Wagen eines Bekannten der auch derbe Geräusche machte im warmen Zustand. Dort war die Freilaufriemenscheibe der Lichtmaschine defekt. Äußert sich in Mahlende, quitschende oder Rasselnde Geräusch. Kann man wunderbar testen indem man dort Wasser drüberlaufen lässt dann tritt das Geräusch kurzfristig lauter auf. Ich weiß aber nicht ob der Tipo auch eine Freilaufriemenscheibe oder eine normale hat. Habe ich mir noch nicht so genau angesehen.
Ansonsten bleiben noch, Lichmaschine, Klimakompressor, Wasserpumpe. Aber das sollte die Werkstatt abklären können.
Viel Glück das alles in Ordnung kommt. Ist ärgerlich wenn man den Wagen erst so kurz fährt und direkt soviel negative Erfahrungen sammeln muß. 
Auch wenn es nicht trösten mag, andere Konzerne haben auch Probleme mit defekten an Neuwagen.
Gruß Mark